Initial commit

This commit is contained in:
Jonas Karneboge 2026-09-22 18:35:43 +02:00
commit 3cba772836
1341 changed files with 532924 additions and 0 deletions

BIN
BAI/.RData Normal file

Binary file not shown.

1
BAI/.Rprofile Normal file
View file

@ -0,0 +1 @@
source("renv/activate.R")

13
BAI/BAI.Rproj Normal file
View file

@ -0,0 +1,13 @@
Version: 1.0
RestoreWorkspace: Default
SaveWorkspace: Default
AlwaysSaveHistory: Default
EnableCodeIndexing: Yes
UseSpacesForTab: Yes
NumSpacesForTab: 2
Encoding: UTF-8
RnwWeave: Sweave
LaTeX: pdfLaTeX

922
BAI/app.R Normal file
View file

@ -0,0 +1,922 @@
# Präambel ####
# Pfade zu den beiden extern gepflegten Skripten, die den eigentlichen Datenzugriff
# uebernehmen. Diese App selbst spricht NIE direkt mit der formr-API und oeffnet NIE
# direkt die SQLite-Pseudonymdatenbank - das passiert ausschliesslich in diesen beiden
# Skripten (siehe Abschnitt 3 der Spezifikation).
PFAD_DOWNLOAD_SKRIPT = "../API/get_data_bai.R" # liefert beim Sourcen: daten_bai
PFAD_PSEUDONYM_SKRIPT = "../get_pseudo.R" # liefert beim Sourcen: pseudo
AKZENT_FARBE = "#8B2635"
# Pflicht-Disclaimer, der am Ende jedes Word-Exports erscheint (Abschnitt 8).
BAI_DISCLAIMER = paste0(
"Diese Auswertung ist ein Hilfsmittel fuer klinisches Fachpersonal und ersetzt ",
"keine klinische Diagnose. Die Interpretation obliegt der behandelnden Person."
)
library(shiny)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(officer)
library(haven)
# Infrastruktur ####
APP_VERZEICHNIS = normalizePath(getwd())
absPath = function(pfad) {
if (grepl("^([A-Za-z]:[/\\\\]|/)", pfad)) return(pfad)
file.path(APP_VERZEICHNIS, pfad)
}
PFAD_DOWNLOAD_SKRIPT = normalizePath(absPath(PFAD_DOWNLOAD_SKRIPT), mustWork = FALSE)
PFAD_PSEUDONYM_SKRIPT = normalizePath(absPath(PFAD_PSEUDONYM_SKRIPT), mustWork = FALSE)
# Helper ####
# Die vier Antwortoptionen des BAI in fester Reihenfolge, exakter formr-Choice-Wortlaut.
# Die Position in diesem Vektor minus 1 ist gleichzeitig die Kodierung
# (0 = "überhaupt nicht" ... 3 = "stark").
BAI_ANTWORTOPTIONEN = c(
"überhaupt nicht",
"wenig (Es stört mich nicht sehr)",
"mittel (Es war sehr unangenehm, aber ich konnte es aushalten)",
"stark (Ich konnte es kaum aushalten)"
)
# Formr-Itemlabels enthalten mitunter Markdown-Sternchen - fuer die Anzeige entfernen.
strip_stars = function(x) {
if (is.null(x) || length(x) == 0) return(x)
gsub("\\*\\*", "", as.character(x))
}
# Zentrale Recoding-Funktion (Spezifikation Abschnitt 2). Wandelt den rohen formr-Wert
# EINES Items fuer EINE Person in einen BAI-Wert 0-3 um. Es ist am echten formr-Export
# nicht verifiziert, ob die Spalte als Choice-Text (character) oder als 1-basierter
# Choice-Index (numerisch 1-4) vorliegt - beide Faelle werden hier abgedeckt.
#
# WICHTIG: Ob eine numerische Spalte der 1-4-Index-Konvention oder der bereits
# vorkodierten 0-3-Konvention folgt, wird anhand ALLER Werte der Spalte (ueber alle
# Faelle in daten_bai) bestimmt, nicht anhand des einzelnen Werts dieser Person. Ein
# einzelner Wert wie "1" waere sonst nicht eindeutig zwischen Choice-Index 1
# ("ueberhaupt nicht", Kodierung 0) und einem bereits vorkodierten Wert 1 ("wenig")
# unterscheidbar. Deshalb erhaelt die Funktion die gesamte Spalte (spalte_gesamt) als
# Referenz zusaetzlich zum Einzelwert dieser Person (roh_wert).
bai_recode_item = function(item_name, spalte_gesamt, roh_wert) {
if (length(roh_wert) == 0 || is.na(roh_wert)) return(NA_integer_)
if (is.character(spalte_gesamt)) {
text = trimws(as.character(roh_wert))
idx = match(text, BAI_ANTWORTOPTIONEN)
if (is.na(idx)) {
stop(paste0(
"Item '", item_name, "': unbekannter Antworttext >>", text, "<< ",
"(erwartet wird einer der vier BAI-Antworttexte)."
))
}
return(idx - 1L)
}
if (is.numeric(spalte_gesamt)) {
alle_werte = spalte_gesamt[!is.na(spalte_gesamt)]
wert = suppressWarnings(as.numeric(roh_wert))
ist_index_kodierung = length(alle_werte) > 0 && all(alle_werte >= 1 & alle_werte <= 4)
ist_vorkodiert = length(alle_werte) > 0 && all(alle_werte >= 0 & alle_werte <= 3)
if (ist_index_kodierung) {
if (is.na(wert) || wert < 1 || wert > 4) {
stop(paste0(
"Item '", item_name, "': unerwarteter Rohwert >>", roh_wert, "<< ",
"(Spalte folgt erkennbar der 1-4 Index-Kodierung)."
))
}
return(as.integer(round(wert)) - 1L)
}
if (ist_vorkodiert) {
if (is.na(wert) || wert < 0 || wert > 3) {
stop(paste0(
"Item '", item_name, "': unerwarteter Rohwert >>", roh_wert, "<< ",
"(Spalte folgt erkennbar der 0-3 Kodierung)."
))
}
return(as.integer(round(wert)))
}
stop(paste0(
"Item '", item_name, "': Werte der Spalte liegen ausserhalb des erwarteten ",
"Bereichs (weder durchgehend 1-4 noch durchgehend 0-3). Rohwert dieser Person: >>",
roh_wert, "<<."
))
}
stop(paste0(
"Item '", item_name, "': unerwarteter Spaltentyp (", class(spalte_gesamt)[1],
"), weder Text noch Zahl."
))
}
# Itemtitel aus dem formr-Label der Spalte, mit Fallback, falls kein Label vorhanden ist.
bai_hole_item_titel = function(spalte, fallback) {
lbl = attr(spalte, "label")
if (is.null(lbl) || length(lbl) == 0 || is.na(lbl[1]) ||
nchar(trimws(as.character(lbl[1]))) == 0) {
return(fallback)
}
trimws(strip_stars(lbl[1]))
}
# Sucht die erste vorhandene, fuer diese Zeile nicht-NA Datumsspalte. Der genaue
# formr-Feldname fuer das Ausfuelldatum ist nicht verifiziert (siehe Abschnitt 8) -
# deshalb wird der Reihe nach eine Liste plausibler Kandidaten geprueft, statt blind
# einen Namen anzunehmen.
bai_finde_datumsspalte = function(daten, zeile) {
kandidaten = c("ended", "created", "modified", "expired")
for (k in kandidaten) {
if (k %in% names(daten)) {
wert = zeile[[k]][1]
if (!is.null(wert) && !is.na(wert)) return(k)
}
}
NA_character_
}
# Robustes Parsen eines Datumswerts zu POSIXct. Faellt bei nicht auswertbarem Format
# auf NULL zurueck (kein Rateergebnis), der Aufrufer entscheidet dann ueber einen
# sichtbaren Fallback auf das aktuelle Datum.
bai_parse_datum = function(roh_wert) {
tryCatch({
d = as.POSIXct(roh_wert)
if (is.na(d)) return(NULL)
d
}, error = function(e) NULL)
}
# Datenaufbereitung ####
# Klassifikationstabelle des BAI (Abschnitt 5.4): vier Kategorien nach Gesamtscore
# (0-63). Zentral als Datenstruktur abgelegt, damit Gauge-Zonen, Bildschirmanzeige und
# Word-Export dieselbe Quelle verwenden - keine verstreute if-Kette an mehreren Stellen.
BAI_KLASSIFIKATION = data.frame(
min = c(0, 8, 16, 26),
max = c(7, 15, 25, 63),
label = c("minimale Angst", "leichte Angst", "moderate Angst", "schwere Angst"),
farbe = c("#2E7D32", "#F57F17", "#E65100", "#B71C1C"),
stringsAsFactors = FALSE
)
# Zusaetzlicher dichotomer Cutoff (Abschnitt 5.5), unabhaengig von der vierstufigen
# Kategorie.
BAI_CUTOFF = 8
bai_klassifiziere = function(score) {
if (is.na(score)) {
return(list(text = "nicht berechenbar", bereich = "", farbe = "#888888"))
}
for (i in seq_len(nrow(BAI_KLASSIFIKATION))) {
if (score >= BAI_KLASSIFIKATION$min[i] && score <= BAI_KLASSIFIKATION$max[i]) {
return(list(
text = BAI_KLASSIFIKATION$label[i],
bereich = paste0(BAI_KLASSIFIKATION$min[i], "-", BAI_KLASSIFIKATION$max[i], " Punkte"),
farbe = BAI_KLASSIFIKATION$farbe[i]
))
}
}
list(text = "nicht klassifizierbar", bereich = "", farbe = "#888888")
}
bai_cutoff_hinweis = function(score) {
if (is.na(score)) {
return(list(ueberschritten = NA, text = "nicht berechenbar"))
}
if (score > BAI_CUTOFF) {
list(
ueberschritten = TRUE,
text = paste0("Hinweis auf moegliche Angststoerung (Cutoff > ", BAI_CUTOFF,
", Sensitivitaet .91 / Spezifitaet .92)")
)
} else {
list(ueberschritten = FALSE, text = "kein Hinweis auf Cutoff-Ueberschreitung")
}
}
erstelle_gauge_bai = function(score) {
zonen = BAI_KLASSIFIKATION
zonen$zone_pastell = c("#C8E6C9", "#FFF3C4", "#FFCC9C", "#FFCDD2")
zonen$zone = factor(zonen$label, levels = zonen$label)
zonen$mitte = (zonen$min + zonen$max) / 2
zonen$zone_label = paste0(zonen$label, "\n", zonen$min, "-", zonen$max)
p = ggplot() +
geom_rect(data = zonen,
aes(xmin = min, xmax = max, ymin = 0, ymax = 1, fill = zone),
colour = "white", linewidth = 1) +
scale_fill_manual(values = setNames(zonen$zone_pastell, zonen$zone), guide = "none") +
annotate("text", x = zonen$mitte, y = 0.5, label = zonen$zone_label,
size = 2.7, colour = "#444444", fontface = "bold", lineheight = 0.9) +
scale_x_continuous(limits = c(0, 63), expand = c(0, 0),
breaks = c(0, 8, 16, 26, 63)) +
scale_y_continuous(limits = c(-0.25, 1.35), expand = c(0, 0)) +
labs(x = "Summenscore (0-63)", y = NULL) +
theme_minimal(base_size = 11) +
theme(
axis.text.y = element_blank(),
axis.ticks.y = element_blank(),
panel.grid = element_blank(),
plot.background = element_rect(fill = "white", colour = NA),
panel.background = element_rect(fill = "white", colour = NA),
axis.line.x = element_line(colour = "#cccccc", linewidth = 0.5),
axis.text.x = element_text(colour = "#666666", size = 9)
)
if (!is.na(score)) {
p = p +
geom_segment(aes(x = score, xend = score, y = -0.1, yend = 1.1),
colour = AKZENT_FARBE, linewidth = 2.5, lineend = "round") +
annotate("text", x = score, y = 1.26, label = as.character(score),
colour = AKZENT_FARBE, fontface = "bold", size = 4.2)
}
p
}
# UI ####
app_css = "
body {
font-family: 'Segoe UI', Helvetica, Arial, sans-serif;
background-color: #f4f4f4;
color: #222;
font-size: 14px;
}
.app-header {
background-color: #8B2635;
color: white;
padding: 15px 22px 13px;
margin-bottom: 18px;
border-radius: 5px;
}
.app-header h2 { margin: 0; font-size: 1.4em; font-weight: 700; }
.app-header p { margin: 4px 0 0; font-size: 0.87em; opacity: 0.88; }
.input-panel {
display: flex;
align-items: flex-end;
gap: 10px;
background: white;
border-radius: 6px;
padding: 14px 18px;
margin-bottom: 16px;
box-shadow: 0 1px 4px rgba(0,0,0,0.09);
flex-wrap: wrap;
}
.input-panel .form-group { margin-bottom: 0; }
.btn-laden {
background-color: #8B2635 !important;
border-color: #7A2030 !important;
color: white !important;
font-weight: 600;
padding: 6px 18px;
border-radius: 4px;
letter-spacing: 0.02em;
white-space: nowrap;
}
.btn-laden:hover, .btn-laden:focus {
background-color: #6E1E29 !important;
border-color: #6E1E29 !important;
outline: none;
box-shadow: 0 0 0 2px rgba(139,38,53,0.3) !important;
}
.abschnitt-karte {
background: white;
border-radius: 6px;
padding: 16px 20px;
margin-bottom: 14px;
box-shadow: 0 1px 4px rgba(0,0,0,0.09);
}
.abschnitt-titel {
color: #8B2635;
margin-top: 0;
margin-bottom: 12px;
font-size: 1em;
font-weight: 700;
letter-spacing: 0.01em;
}
.kopf-info {
color: #555;
font-size: 0.92em;
padding-bottom: 10px;
border-bottom: 1px solid #eee;
margin-bottom: 8px;
}
.kopf-info b { color: #333; }
.alert-warnung {
background-color: #FFFDE7;
border-left: 4px solid #F9A825;
border-radius: 3px;
padding: 9px 12px;
margin-bottom: 10px;
font-size: 0.88em;
color: #555;
line-height: 1.45;
}
.alert-fehler {
background-color: #FEECEB;
border-left: 4px solid #C62828;
border-radius: 4px;
padding: 13px 16px;
margin-bottom: 12px;
}
.alert-fehler h4 { color: #C62828; margin-top: 0; margin-bottom: 8px; }
.alert-fehler p, .alert-fehler li { color: #444; font-size: 0.92em; }
.score-label { font-size: 0.8em; color: #999; display: block; margin-bottom: 2px; }
.score-zahl { font-size: 3em; font-weight: 800; color: #8B2635; display: block;
line-height: 1.1; }
.klasse-text { font-size: 1.05em; font-weight: 700; display: block; margin-top: 4px; }
.bereich-text { font-size: 0.8em; color: #888; display: block; margin-top: 2px; }
.cutoff-badge {
display: inline-block;
margin-top: 10px;
padding: 6px 12px;
border-radius: 4px;
font-size: 0.88em;
font-weight: 600;
}
.cutoff-badge-ja { background-color: #FEECEB; color: #B71C1C; border: 1px solid #F5C6C2; }
.cutoff-badge-nein { background-color: #E8F5E9; color: #2E7D32; border: 1px solid #C8E6C9; }
.item-zeile {
display: flex;
align-items: baseline;
gap: 10px;
padding: 7px 0;
border-bottom: 1px solid #f0f0f0;
}
.item-zeile:last-child { border-bottom: none; }
.item-nr { font-weight: 700; color: #8B2635; min-width: 26px; flex-shrink: 0; }
.item-text { flex: 1; color: #333; font-size: 0.92em; }
.stufe-badge {
display: inline-block;
border-radius: 3px;
padding: 2px 8px;
font-size: 0.85em;
font-weight: 700;
min-width: 150px;
text-align: center;
flex-shrink: 0;
}
.stufe-badge-0 { background-color: #C8E6C9; color: #1B5E20; }
.stufe-badge-1 { background-color: #FFCDD2; color: #B71C1C; }
.stufe-badge-2 { background-color: #EF9A9A; color: #7B0000; }
.stufe-badge-3 { background-color: #B71C1C; color: white; }
.start-hinweis {
text-align: center;
color: #bbb;
padding: 40px 0;
font-size: 0.95em;
}
"
app_css = gsub("#8B2635", AKZENT_FARBE, app_css, fixed = TRUE)
ui = fluidPage(
tags$head(
tags$meta(charset = "UTF-8"),
tags$style(HTML(app_css))
),
div(class = "app-header",
tags$h2("BAI Auswertung"),
tags$p("Beck Angst-Inventar • Einzelfall-Auswertung")
),
div(class = "input-panel",
div(style = "min-width: 360px; white-space: nowrap;",
textInput("pseudonym",
label = tagList(
"Pseudonym",
tags$span(style = "font-weight: normal; font-style: italic; font-size: 0.78em; color: #888; margin-left: 4px; white-space: nowrap;",
"optional, hat Vorrang vor Chiffre")
),
placeholder = "optional", width = "340px")
),
div(style = "min-width: 200px;",
textInput("chiffre", label = "Patientenchiffre",
placeholder = "z.B. P000123", width = "100%")
),
actionButton("btn_suchen", "Auswerten", class = "btn btn-primary btn-laden"),
div(style = "margin-left: auto;",
downloadButton("download_word", "Word-Export (.docx)")
)
),
uiOutput("ergebnis_ui")
)
# Word-Export ####
erstelle_bai_docx = function(erg) {
fmt_titel = fp_text(color = AKZENT_FARBE, bold = TRUE, font.size = 18)
fmt_meta = fp_text(color = "#555555", bold = FALSE, font.size = 10)
fmt_warn = fp_text(color = "#B8860B", italic = TRUE, font.size = 9)
fmt_score_l = fp_text(color = "#888888", bold = FALSE, font.size = 10)
fmt_score = fp_text(color = AKZENT_FARBE, bold = TRUE, font.size = 22)
fmt_klasse = fp_text(color = erg$klasse$farbe, bold = TRUE, font.size = 12)
fmt_cutoff = fp_text(
color = if (isTRUE(erg$cutoff$ueberschritten)) "#B71C1C" else "#2E7D32",
bold = TRUE,
font.size = 10
)
fmt_abschn = fp_text(color = AKZENT_FARBE, bold = TRUE, font.size = 12, underlined = TRUE)
fmt_item_nr = fp_text(color = "#888888", bold = TRUE, font.size = 10)
fmt_item_tit = fp_text(color = "#333333", bold = FALSE, font.size = 10)
fmt_disclaimer = fp_text(color = "#888888", italic = TRUE, font.size = 9)
stufe_bg = function(stufe) {
c("#C8E6C9", "#FFCDD2", "#EF9A9A", "#B71C1C")[stufe + 1L]
}
stufe_fg = function(stufe) {
if (stufe < 3L) "#333333" else "#FFFFFF"
}
doc = read_docx()
doc = body_add_fpar(doc, fpar(ftext("BAI Auswertung", fmt_titel)))
doc = body_add_fpar(doc, fpar(ftext(
paste0("Chiffre: ", erg$chiffre,
" Ausfuelldatum: ", erg$ausfuelldatum,
" Erstellt: ", format(Sys.Date(), "%d.%m.%Y")),
fmt_meta
)))
if (!is.null(erg$warnung_mehrfach)) {
doc = body_add_fpar(doc, fpar(ftext(paste0("Hinweis: ", erg$warnung_mehrfach), fmt_warn)))
}
if (erg$n_fehlt > 0) {
doc = body_add_fpar(doc, fpar(ftext(paste0(
"Hinweis: ", erg$n_fehlt, " Item(s) ohne Angabe, mit dem Wert 0 in den ",
"Summenscore eingerechnet."
), fmt_warn)))
}
doc = body_add_par(doc, "")
doc = body_add_fpar(doc, fpar(
ftext("Summenscore: ", fmt_score_l),
ftext(as.character(erg$gesamtscore), fmt_score)
))
doc = body_add_fpar(doc, fpar(ftext(
paste0(erg$klasse$text, " (", erg$klasse$bereich, ")"), fmt_klasse
)))
doc = body_add_fpar(doc, fpar(ftext(erg$cutoff$text, fmt_cutoff)))
doc = body_add_par(doc, "")
doc = body_add_fpar(doc, fpar(ftext("Einzelitems (21 Items)", fmt_abschn)))
for (it in erg$items) {
doc = body_add_fpar(doc, fpar(
ftext(sprintf("%2d. ", it$nr), fmt_item_nr),
ftext(paste0(it$titel, " "), fmt_item_tit),
ftext(paste0(" ", it$antwort_text, " "),
fp_text(color = stufe_fg(it$wert),
bold = TRUE,
font.size = 9,
shading.color = stufe_bg(it$wert)))
))
}
doc = body_add_par(doc, "")
doc = body_add_fpar(doc, fpar(ftext(BAI_DISCLAIMER, fmt_disclaimer)))
doc
}
# Server ####
server = function(input, output, session) {
# --- pseudonym-support-injection v1 ---
observe({
query = parseQueryString(session$clientData$url_search)
if (!is.null(query$pseudonym) && nchar(trimws(query$pseudonym)) > 0) {
updateTextInput(session, "pseudonym", value = trimws(query$pseudonym))
}
})
observe({
query = parseQueryString(session$clientData$url_search)
if (!is.null(query$chiffre) && nchar(trimws(query$chiffre)) > 0) {
updateTextInput(session, "chiffre", value = toupper(trimws(query$chiffre)))
}
})
# Die beiden externen Skripte werden bewusst NICHT beim App-Start gesourct, sondern
# erst hier, beim Klick auf "Auswerten" (Source-bei-Klick-Muster, Abschnitt 3).
ergebnis_r = eventReactive(input$btn_suchen, {
chiffre = toupper(trimws(input$chiffre))
if ((nchar(trimws(input$pseudonym)) == 0 && nchar(chiffre) == 0)) {
return(list(typ = "leere_eingabe"))
}
if (!(nchar(trimws(input$pseudonym)) > 0 || grepl("^[A-Z][0-9]{6}$", chiffre))) {
return(list(typ = "format_fehler", chiffre = chiffre))
}
pfadfehler = character(0)
if (!file.exists(PFAD_DOWNLOAD_SKRIPT)) {
pfadfehler = c(pfadfehler,
paste0("Download-Skript nicht gefunden: >>", PFAD_DOWNLOAD_SKRIPT, "<<"))
}
if (!file.exists(PFAD_PSEUDONYM_SKRIPT)) {
pfadfehler = c(pfadfehler,
paste0("Pseudonym-Skript nicht gefunden: >>", PFAD_PSEUDONYM_SKRIPT, "<<"))
}
if (length(pfadfehler) > 0) {
return(list(typ = "skript_fehler",
meldung = paste("Bitte Pfade am Kopf der app.R anpassen:",
paste(pfadfehler, collapse = "\n"), sep = "\n")))
}
# Schritt 4: Download-Skript sourcen. Achtung: Rueckgabewert-Pattern exakt so, kein
# `<=` statt `=` - das waere syntaktisch gueltig, aber semantisch ein stiller Bug.
ok_download = tryCatch({
source(PFAD_DOWNLOAD_SKRIPT, local = FALSE)
list(ok = TRUE)
}, error = function(e) list(ok = FALSE, msg = conditionMessage(e)))
if (!ok_download$ok) {
return(list(typ = "skript_fehler",
meldung = paste0("Fehler im Download-Skript (",
basename(PFAD_DOWNLOAD_SKRIPT), "):\n", ok_download$msg)))
}
# Schritt 5: Ordner mit pseudonyme.db suchen, ausgehend vom Pseudonym-Skript-Ordner,
# bis zu 5 Ebenen nach oben.
db_ordner = local({
ordner = dirname(normalizePath(PFAD_PSEUDONYM_SKRIPT, mustWork = FALSE))
gefunden = NULL
for (i in 1:5) {
if (file.exists(file.path(ordner, "pseudonyme.db"))) { gefunden = ordner; break }
elternteil = dirname(ordner)
if (elternteil == ordner) break
ordner = elternteil
}
gefunden
})
if (is.null(db_ordner)) {
return(list(typ = "skript_fehler",
meldung = paste0(
"pseudonyme.db nicht gefunden.\n",
"Gesucht ausgehend vom Pseudonym-Skript-Ordner bis zu 5 Ebenen nach oben.\n",
"Bitte sicherstellen, dass pseudonyme.db im selben oder einem ",
"uebergeordneten Ordner liegt."
)))
}
# Schritt 6+7: Arbeitsverzeichnis fuer die Dauer des Sourcens auf den DB-Ordner
# setzen (das Pseudonym-Skript oeffnet die DB relativ) und danach zuverlaessig
# zuruecksetzen. add = TRUE ist Pflicht, sonst wuerden ggf. bereits registrierte
# on.exit()-Handler ueberschrieben statt ergaenzt.
ok_pseudonym = tryCatch({
alter_wd = getwd()
on.exit(setwd(alter_wd), add = TRUE)
setwd(db_ordner)
source(PFAD_PSEUDONYM_SKRIPT, local = FALSE)
if (nchar(trimws(input$pseudonym)) > 0) {
.pw_wert = trimws(input$pseudonym)
.pw_tab = get("pseudo", envir = .GlobalEnv)
.pw_treffer = .pw_tab[.pw_tab$pseudonym == .pw_wert, ]
if (nrow(.pw_treffer) > 0) chiffre = toupper(trimws(.pw_treffer$chiffre[1]))
}
list(ok = TRUE)
}, error = function(e) list(ok = FALSE, msg = conditionMessage(e)))
if (!ok_pseudonym$ok) {
return(list(typ = "skript_fehler",
meldung = paste0("Fehler im Pseudonym-Skript (",
basename(PFAD_PSEUDONYM_SKRIPT), "):\n", ok_pseudonym$msg)))
}
# Schritt 8: pruefen, ob beide Skripte tatsaechlich die erwarteten Objekte geliefert
# haben.
if (!exists("daten_bai", envir = .GlobalEnv)) {
return(list(typ = "skript_fehler",
meldung = paste0("Objekt 'daten_bai' fehlt nach dem Sourcen von:\n",
PFAD_DOWNLOAD_SKRIPT)))
}
if (!exists("pseudo", envir = .GlobalEnv)) {
return(list(typ = "skript_fehler",
meldung = paste0("Objekt 'pseudo' fehlt nach dem Sourcen von:\n",
PFAD_PSEUDONYM_SKRIPT)))
}
dat_bai = get("daten_bai", envir = .GlobalEnv)
dat_ps = get("pseudo", envir = .GlobalEnv)
# Schritt 9: Chiffre-Lookup. Kein Filter auf 'instrument' noetig, da diese App nur
# Daten dieses einen BAI-Runs erhaelt (Abschnitt 3).
ps_treffer = dat_ps[dat_ps$chiffre == chiffre, , drop = FALSE]
if (nrow(ps_treffer) == 0) {
return(list(typ = "chiffre_nicht_gefunden", chiffre = chiffre))
}
alle_session_ids = unique(as.character(ps_treffer$pseudonym))
if (nchar(trimws(input$pseudonym)) > 0) alle_session_ids = trimws(input$pseudonym)
if (!("session" %in% names(dat_bai))) {
return(list(typ = "skript_fehler",
meldung = paste0(
"Spalte 'session' in 'daten_bai' nicht gefunden. Der erwartete Spaltenname ",
"fuer die formr-Session-ID ist am echten Export noch nicht verifiziert - ",
"bitte tatsaechlichen Spaltennamen in get_data_bai.R bzw. hier pruefen."
)))
}
bai_treffer = dat_bai[dat_bai$session %in% alle_session_ids, , drop = FALSE]
if (nrow(bai_treffer) == 0) {
return(list(typ = "keine_daten", chiffre = chiffre))
}
# Mehrfachtreffer (Bogen mehrfach ausgefuellt): nicht stillschweigend den ersten
# nehmen, sondern den neuesten (nach Ausfuelldatum) waehlen und sichtbar warnen.
warnung_mehrfach = NULL
if (nrow(bai_treffer) > 1) {
n_ausfuell = nrow(bai_treffer)
spalte_datum = bai_finde_datumsspalte(dat_bai, bai_treffer[1, , drop = FALSE])
if (!is.na(spalte_datum)) {
reihenfolge = order(
vapply(seq_len(n_ausfuell), function(i) {
d = bai_parse_datum(bai_treffer[[spalte_datum]][i])
if (is.null(d)) -Inf else as.numeric(d)
}, numeric(1)),
decreasing = TRUE
)
bai_treffer = bai_treffer[reihenfolge, , drop = FALSE]
}
datum_neuestes = if (!is.na(spalte_datum)) {
d = bai_parse_datum(bai_treffer[[spalte_datum]][1])
if (!is.null(d)) format(d, "%d.%m.%Y %H:%M") else "unbekanntes Datum"
} else "unbekanntes Datum"
warnung_mehrfach = paste0(
"Es wurden ", n_ausfuell, " Ausfuellungen gefunden, es wird die neueste vom ",
datum_neuestes, " angezeigt."
)
bai_treffer = bai_treffer[1, , drop = FALSE]
}
zeile = bai_treffer[1, , drop = FALSE]
spalte_datum = bai_finde_datumsspalte(dat_bai, zeile)
datum_geparst = if (!is.na(spalte_datum)) bai_parse_datum(zeile[[spalte_datum]][1]) else NULL
ausfuelldatum_fallback = is.null(datum_geparst)
ausfuelldatum = if (!ausfuelldatum_fallback) format(datum_geparst, "%d.%m.%Y") else
format(Sys.Date(), "%d.%m.%Y")
ausfuelldatum_dateikennung = if (!ausfuelldatum_fallback) format(datum_geparst, "%Y%m%d") else
format(Sys.Date(), "%Y%m%d")
# 21 Items einlesen und rekodieren (0-3). Bei unerwarteten Rohwerten bricht
# bai_recode_item() mit einer klaren Fehlermeldung ab (kein stilles NA).
item_cols = sprintf("bai_%02d", 1:21)
fehlende_item_spalten = item_cols[!(item_cols %in% names(dat_bai))]
if (length(fehlende_item_spalten) > 0) {
return(list(typ = "skript_fehler",
meldung = paste0(
"Folgende erwartete Item-Spalten fehlen in 'daten_bai': ",
paste(fehlende_item_spalten, collapse = ", "), "."
)))
}
recode_ergebnis = tryCatch({
liste = lapply(seq_along(item_cols), function(i) {
col = item_cols[i]
spalte_gesamt = dat_bai[[col]]
roh_wert = zeile[[col]][1]
wert = bai_recode_item(col, spalte_gesamt, roh_wert)
titel = bai_hole_item_titel(spalte_gesamt, paste0("Item ", i))
list(nr = i, titel = titel, wert = wert, fehlt = is.na(wert))
})
list(ok = TRUE, items = liste)
}, error = function(e) list(ok = FALSE, msg = conditionMessage(e)))
if (!recode_ergebnis$ok) {
return(list(typ = "daten_fehler", meldung = recode_ergebnis$msg))
}
items = recode_ergebnis$items
# Missing-Value-Regel (Abschnitt 5.2).
n_fehlt = sum(vapply(items, `[[`, logical(1), "fehlt"))
if (n_fehlt > 3) {
return(list(typ = "zu_viele_fehlende_werte", n_fehlt = n_fehlt, chiffre = chiffre))
}
# Fehlende Items (1-3 Stueck) mit 0 in den Summenscore einrechnen.
items = lapply(items, function(it) {
if (it$fehlt) it$wert = 0L
it
})
items = lapply(items, function(it) {
it$antwort_text = if (it$fehlt) {
paste0("(fehlend, als '", BAI_ANTWORTOPTIONEN[1], "' gewertet)")
} else {
BAI_ANTWORTOPTIONEN[it$wert + 1L]
}
it
})
gesamtscore = as.integer(sum(vapply(items, `[[`, integer(1), "wert")))
klasse = bai_klassifiziere(gesamtscore)
cutoff = bai_cutoff_hinweis(gesamtscore)
list(
typ = "ergebnis",
chiffre = chiffre,
ausfuelldatum = ausfuelldatum,
ausfuelldatum_fallback = ausfuelldatum_fallback,
ausfuelldatum_dateikennung = ausfuelldatum_dateikennung,
warnung_mehrfach = warnung_mehrfach,
items = items,
n_fehlt = n_fehlt,
gesamtscore = gesamtscore,
klasse = klasse,
cutoff = cutoff
)
})
output$ergebnis_ui = renderUI({
if (input$btn_suchen == 0) {
return(div(class = "start-hinweis",
"Patientenchiffre eingeben und auf \"Auswerten\" klicken."
))
}
erg = ergebnis_r()
if (erg$typ == "skript_fehler") {
return(div(class = "alert-fehler",
tags$h4("Konfigurationsfehler"),
tags$pre(style = "font-size:0.88em; white-space:pre-wrap;", erg$meldung)
))
}
if (erg$typ == "daten_fehler") {
return(div(class = "alert-fehler",
tags$h4("Datenfehler"),
tags$p("Beim Verarbeiten der Item-Antworten ist ein unerwarteter Wert aufgetreten:"),
tags$pre(style = "font-size:0.88em; white-space:pre-wrap;", erg$meldung)
))
}
if (erg$typ == "leere_eingabe") {
return(div(class = "alert-warnung",
"Bitte eine Patientenchiffre eingeben."
))
}
if (erg$typ == "format_fehler") {
return(div(class = "alert-warnung",
"Ungueltige Chiffre. Erwartet wird ein Grossbuchstabe gefolgt von 6 Ziffern, ",
"z.B. P000123."
))
}
if (erg$typ == "chiffre_nicht_gefunden") {
return(div(class = "alert-fehler",
tags$h4("Chiffre nicht gefunden"),
tags$p("Die Chiffre ", tags$b(paste0("«", erg$chiffre, "»")),
" ist in der Pseudonymtabelle nicht vorhanden."),
tags$p("Bitte Schreibweise pruefen oder Pseudonymtabelle aktualisieren.")
))
}
if (erg$typ == "keine_daten") {
return(div(class = "alert-fehler",
tags$h4("Kein BAI-Datensatz gefunden"),
tags$p("Zur Chiffre ", tags$b(paste0("«", erg$chiffre, "»")),
" existiert ein Pseudonymeintrag, aber kein Datensatz in ",
tags$code("daten_bai"), "."),
tags$p("Moegliche Ursachen: Bogen noch nicht ausgefuellt, ",
"oder Daten noch nicht heruntergeladen.")
))
}
if (erg$typ == "zu_viele_fehlende_werte") {
return(div(class = "alert-fehler",
tags$h4("Zu viele fehlende Werte"),
tags$p("Bei ", tags$b(paste0("«", erg$chiffre, "»")), " fehlen ", erg$n_fehlt,
" von 21 Items."),
tags$p("Der Bogen kann laut Auswertungsregel nicht ausgewertet werden ",
"(zulaessig sind maximal 3 fehlende Items).")
))
}
# typ == "ergebnis"
kopf_block = div(class = "abschnitt-karte",
div(class = "kopf-info",
tags$b("Chiffre: "), erg$chiffre, " ",
tags$b("Ausfuelldatum: "), erg$ausfuelldatum
),
if (!is.null(erg$warnung_mehrfach))
div(class = "alert-warnung", "⚠ Hinweis: ", erg$warnung_mehrfach),
if (isTRUE(erg$ausfuelldatum_fallback))
div(class = "alert-warnung",
"⚠ Ausfuelldatum nicht in den Daten gefunden, Erstellungsdatum verwendet."),
if (erg$n_fehlt > 0)
div(class = "alert-warnung", "⚠ ", erg$n_fehlt,
" Item(s) ohne Angabe, mit dem Wert 0 in den Summenscore eingerechnet.")
)
score_block = div(class = "abschnitt-karte",
fluidRow(
column(4,
tags$span(class = "score-label", "Summenscore BAI"),
tags$span(class = "score-zahl", as.character(erg$gesamtscore)),
tags$span(class = "klasse-text",
style = paste0("color:", erg$klasse$farbe, ";"),
erg$klasse$text
),
tags$span(class = "bereich-text", erg$klasse$bereich),
tags$span(
class = paste0("cutoff-badge ",
if (isTRUE(erg$cutoff$ueberschritten)) "cutoff-badge-ja" else "cutoff-badge-nein"),
erg$cutoff$text
)
),
column(8,
style = "padding-top: 6px;",
plotOutput("gauge_plot", height = "110px")
)
)
)
item_zeilen = lapply(erg$items, function(it) {
div(class = "item-zeile",
div(class = "item-nr", paste0(it$nr, ".")),
div(class = "item-text", it$titel),
tags$span(class = paste0("stufe-badge stufe-badge-", it$wert), it$antwort_text)
)
})
item_block = div(class = "abschnitt-karte",
tags$h4(class = "abschnitt-titel", "Einzelitems (21 Items)"),
div(item_zeilen)
)
tagList(kopf_block, score_block, item_block)
})
output$gauge_plot = renderPlot({
req(input$btn_suchen > 0)
erg = ergebnis_r()
req(erg$typ == "ergebnis")
erstelle_gauge_bai(erg$gesamtscore)
}, bg = "white")
output$download_word = downloadHandler(
filename = function() {
erg = ergebnis_r()
if (is.null(erg) || erg$typ != "ergebnis") return("BAI_Auswertung.docx")
chiffre_esc = gsub("[^A-Za-z0-9_-]", "_", erg$chiffre)
# Dateiname mit dem Ausfuelldatum AUS DEN DATEN (nicht Sys.Date()), bereits beim
# Einlesen robust geparst (Abschnitt 8) - kein erneutes, fehleranfaelliges
# Reparsen des Anzeigetexts noetig.
paste0("BAI_", chiffre_esc, "_", erg$ausfuelldatum_dateikennung, ".docx")
},
content = function(file) {
req(ergebnis_r()$typ == "ergebnis")
erg = ergebnis_r()
doc = erstelle_bai_docx(erg)
print(doc, target = file)
}
)
}
# Start ####
shinyApp(ui = ui, server = server)

2879
BAI/renv.lock Normal file

File diff suppressed because it is too large Load diff